El Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Nuestra Señora de la Candelaria es el laboratorio de referencia de la recién creada red de vigilancia genómica de Canarias en la que se incluirán todos los laboratorios que realizan pruebas de SARS-CoV-2. De esta manera se podrá conocer la incidencia de las distintas cepas del coronavirus en el Archipiélago. Tras varios meses de espera se pone en marcha este mecanismo que incluye un sistema protocolizado de detección, seguimiento y control de la presencia de las diferentes variantes en las Islas. Óscar Díez, Jefe del Servicio de Microbiología del centro tinerfeño incide en que “hay que estar vigilantes y ver las variantes que circulan por los territorios”.
-¿Esta semana han comenzado a realizar la secuenciación genómica de las muestras enviadas por los diferentes centros?
“Ya empezamos con fuerza. El viernes recibimos un buen número de pruebas sospechosas enviadas por distintos hospitales y la próxima semana recibiremos aún más. Ya hemos secuenciado 380 muestras y en horas dispondremos de los resultados”.
-Desde el 18 de diciembre y hasta mediados de marzo el equipo secuenció el genoma de más de 1.100 muestras. Cada vez aumenta el porcentaje de positivos de la variante británica del coronavirus. ¿Es lo esperado?
“Evidentemente, sabíamos que esta variante es la que está predominando en Europa y por las diferentes regiones peninsulares, y lo lógico es que fuera la que más nos afectara a nosotros. Hasta ahora, aproximadamente el 18% de las muestras sospechosas que hemos estudiado corresponden a la variante británica (B.1.1.7). Cuando secuenciemos más muestras y realicemos el estudio epidemiológico las próximas semanas se podrá tener una visión real de cuál es la penetración de la variante británica en las Islas, que no es tampoco para asustarse. A partir de ahora estará instaurado de forma semanal el estudio y se podrán realizar trabajos de prevalencia e incidencia epidemiológica”.
-¿Y qué resultados han encontrado de otras variantes?
“Con respecto a las variantes brasileñas (Manaos P.1 y Río P.2), solo hemos encontrado cuatro muestras, tres de ellas vinculadas a un brote familiar y la otra a un caso aislado. Y también notificamos un caso de variante sudafricana de un estudiante que venía del continente. Han sido casos aislados y no tenemos constancia de que se ha producido transmisión a nuestra población”.
-Hace unas semanas Tenerife estaba bien. ¿Este aumento de los contagios se explicaría por la irrupción de la variante británica o por una relajación general?
“La británica es una variante del coronavirus muy contagiosa que está en las islas, pero no sabemos decir el porcentaje real de incidencia. Sin embargo, hay que volver a insistir en que desde el momento en el que se baja la guardia, aumentan los contagios. En Tenerife, en febrero se notó que estuvimos en fase 3 en diciembre y buena parte de enero. Sin embargo, nos hemos vuelto a relajar. Hay que asumir que esta pandemia siempre será así, estaremos subiendo y bajando como los dientes de una sierra, de una ola de contagios a otra, bajaremos en los momentos de restricciones duras, pero en cuanto se relajan volverá otra vez a subir, y esta ondulación volverá a repetirse mientras no logremos llegar a un porcentaje importante de población vacunada, que impida la transmisión continua, o que las autoridades decreten restricciones más duras o un confinamiento, pero no podemos encerrarnos porque se resentiría la economía, y entonces entraríamos en otra crisis de efectos muy negativos”.
-Nos habíamos acostumbrado al término PCR y ahora nos hablan de la secuenciación.
“Una de las primeras fases de la secuenciación es precisamente haber hecho la PCR a todas las cepas que puedan estar presentes. Ahora mismo hay en el mundo varias variantes que están bajo observación o control, porque todavía no saben si son variantes o cepas nuevas o tienen una implicación tanto de virulencia o contagiosidad. Para saberlo hay que secuenciar los 30.000 nucleótidos que tiene el virus y ver el orden de las proteínas estructurales que hace, sobre todo de la S (la espítula o Spike) que es la principal, donde se ancla”.
-¿Qué diferencia hay entre una variante y una nueva cepa?
“Cualquier mutación que aparezca en la célula original y no tenga ninguna implicación es lo que llamamos variante, y hay muchas porque el virus muta muchas veces, pero la variante no cambia la biología de la célula, no cambia su transmisibilidad o su virulencia. Si fuera un cambio sustancial, ya hablaríamos de una cepa, que supone características distintas. Lo bueno es que algunas vacunas están teniendo efectividad tanto para el SARS-CoV-2 original, como para algunas de las nuevas variantes o cepas, pero es muy probable que habrá que revacunarse con el tiempo. Los estudios iniciales a las personas ya vacunadas coinciden en que disminuye la gravedad de los casos, sobre todo entre los más vulnerables, nuestros mayores”.
-¿Qué trabajo hay que realizar para descifrar las nuevas variantes del coronavirus?
“La tecnología de la secuenciación es descifrar el código genético que tiene en este caso el SAR-CoV-2, las señas de identidad que definen este coronavirus, es decir, ¿cómo infecta? ¿Cómo se transmite? ¿Cómo actúa en la célula? ¿Porqué contagia? ¿Dónde se une? Esas señas de identidad están metidas en unas moléculas denominadas ácidos nucleicos, en este caso ARN, y que está formado por nucleótidos. Determinar el orden que tienen esos nucleótidos es lo que se llama la secuenciación. Cuando se descubrió el SAR-CoV-2 en China lo primero que se hizo fue su secuenciación y ver el orden en el que estaban esos nucleótidos. Para ir a la primera secuencia primaria que hubo del coronavirus, se han ido creando bancos de secuencias donde todo el mundo ha ido poniendo las mutaciones que encontraba del SAR-CoV-2, porque estos virus RNA mutan con el tiempo, aunque sea solamente por su cambio y selección natural, incluso dentro de una misma persona si está un cierto tiempo va a cambiar. El control de estas mutaciones es muy importante para saber la epidemiología del virus, también para ver cómo actúa el virus en la célula y dónde se une (se descubrió que era en la proteína Spike, cómo se creaba y se unía en las células) para diseñar antivirales u otro tipo de fármacos y, sobre todo, para realizar las vacunas”.
-¿Qué otros pasos hay que realizar en el proceso?
“El primer paso que hacemos en un laboratorio de secuenciación es coger la PCR normal y, por un aviso de la OMS sabemos que si tienes un paciente que su PCR da una carga viral muy alta, y no te da positivo el gen S, hay que sospechar que puede ser una variante de las que afectan a la espícula. El gen S se va perdiendo con el tiempo en la enfermedad, es el primero en desaparecer. Entonces variantes que no den gen S hay muchas. Esas pruebas las hemos seleccionado nosotros, las hemos ido guardando los últimos meses y cuando hemos tenido oportunidad, hemos realizado el estudio de su secuenciación. Con todos los procesos que hemos puesto en marcha hemos hecho un grupo muy potente, porque hemos hecho la extracción, el pooling y otros pasos más que se han publicado. Toda esta experiencia nos permitirá secuenciar a niveles muy altos, a mucha cantidad de cepas y, nuevamente nos permitirá no depender de nadie externo, es decir de un Instituto Carlos III en Madrid, que no da abasto para secuenciar al resto de las Comunidades, y que nosotros vamos a tenerlo”.
-El equipo formado por el Servicio de Microbiología del Hospital de La Candelaria y el área de Genómica del Instituto Tecnológico y de Energías Renovables (ITER) de Tenerife, ¿les han llevado a liderar varias técnicas?
“Hemos trabajado mucho en el Hospital de La Candelaria con el área de genómica del ITER en diversos proyectos y bonitos trabajos. Llevamos años trabajando de manera positiva, uniendo todas las capacidades de los dos organismos de investigación. Si se destinan medios y recursos todo es posible. Hay que realizar mucha investigación para prevenir y estar preparados para otra situación futura. Debemos tener profesionales investigadores en nuestras islas que nos permitan no depender de fuera, porque hay que recordar que al inicio de la pandemia no nos llegaban las PCR ni los reactivos, y había que tener imaginación para solucionar esos problemas. En otras ocasiones no llegan los medicamentos, y ahora no llegan las vacunas. Por tanto, no podemos limitarnos a esperar por los demás, hay que ser activos. En investigación siempre hay que invertir, no solo plantearlo a largo plazo. Hay que invertir para ir por delante, no para estar por detrás, por que entonces estamos poniendo parches”.
-La idea de secuenciar el genoma del coronavirus era un viejo anhelo, ¿verdad?
“Desde febrero o marzo de 2020 teníamos pedido el proyecto para secuenciar el coronavirus con la idea de su diagnóstico, como se hacía en China al ritmo de 100.000 o un millón a la vez. Sin embargo, hemos tenido tanto trabajo que no habíamos podido empezar con esa idea original y, cuando estábamos ya más desahogados e intuíamos que nos podían salir mutaciones del SARS-CoV-2 en Canarias, se nos ha retrasado otras semanas más entre el aumento de casos y entrar en la fase 3 en Tenerife desde diciembre y luego los efectos de la tormenta Filomena en Madrid, no pudimos tener antes un secuenciador de segunda generación, que no era el que habíamos pedido inicialmente en el trabajo, que era de tercera generación, un nanocore que permitiría secuenciar masivamente, y que no muchos centros en España pueden tener capacidad para hacerlo”.
-Entonces para ambos equipos es un motivo de satisfacción ser elegidos como laboratorio de referencia de esta red de vigilancia genómica de Canarias.
“El grupo principal de biología molecular, a parte de los que formamos el servicio de Microbiología del Hospital de La Candelaria, estamos trabajando codo con codo con el equipo liderado por doctor Carlos Flores del área genómica del ITER del Cabildo de Tenerife. Es un grupo de gente importante que lleva muchos años haciendo investigaciones de todo tipo y este reconocimiento es la culminación a muchos trabajos juntos, estar preparados y hacer muchas cosas antes, lo que ha ayudado a que ahora se haya podido poner en marcha este sistema rápidamente, aunque nos hubiera gustado comenzar mucho antes”.
-¿Cuáles son los próximos pasos que plantean realizar el departamento de Microbiología del Hospital de La Candelaria y el área de Genómica del ITER?
“Seguiremos con las secuenciaciones, buscaremos si hay nuevas variantes en Canarias y, si la del Reino Unido nos preocupa por su contagiosidad, las otras nuevas (la sudafricana, las brasileñas o la californiana) nos preocupan porque se puedan escapar a las vacunas actuales. Seguiremos secuenciando porque nadie está exento de que en cualquier territorio aparezca una mutación que sea más o menos grave. Con el tiempo que llevamos de la pandemia, hay que estar vigilantes y ver las variantes que circulan por los territorios para buscar cambios raros, cepas diferentes o por si hay que modificar las vacunas. Por tanto, hay que estar muy atentos”.
-Este es un proceso largo complicado y caro por lo que tienen que recoger un número determinado de muestras para poder hacer el análisis genómico. ¿Cuál es el número mínimo?
“En el sistema que nosotros tenemos montado debemos hacer entre 300 y 400 muestras para que no se pierda dinero y efectividad. La secuenciación es un proceso largo porque tienes que buscar esas cepas, extraerles el ARN, cuantificarlas, purificarlas, multiplicarlas, introducirlas en un secuenciador -un aparato en el que los nucleótidos se van uniendo (después de haber hecho millones y millones de secuencias)- marcar con fluorescencia los nucleótidos y, después, meterlos en un superordenador para que, con un bioinformático, ir viendo si hay mutaciones en esas muestras. En total hablamos de varios días”.
-¿Por qué la variante británica es más contagiosa que la original de Wuhan?
“Los compañeros británicos aseguran que contagia más debido a que tiene una carga viral más alta. Lo que no parece es que sea más letal, pero la situación de presión asistencial que ha tenido Gran Bretaña en los últimos meses ha sido brutal, como pasó en España en marzo y abril. Si hay más contagios, hay más enfermos y, si estos no consiguen tener el tratamiento adecuado en los hospitales, morirán más, pero no puede considerarse que sea debido al virus, sino por el volumen de pacientes”.
-¿Entonces no cabe otra que protegerse hasta la vacunación?
“Hay que hacer un llamamiento a la sociedad para que siga manteniendo las recomendaciones del uso de la mascarilla, distancia social, lavado de manos y evitar lugares cerrados y concurridos. Si cumplimos estas premisas de precaución no deberían transmitirse estas nuevas variantes al ritmo que ha ocurrido en Europa. Estamos empezando a ver la luz con la vacunación, pero seguimos en una situación complicada y no podemos ahora bajar la guardia, hay que seguir manteniendo las normas de precaución y aplicar el sentido común para evitar contagiarnos”.
La red de vigilancia genómica, un paso adelante en la lucha contra el coronavirus
La red canaria de vigilancia genómica que lidera el Hospital Universitario Nuestra Señora de Candelaria permitirá tener la radiografía real de la incidencia de las distintas cepas del virus en el Archipiélago y servirá en un futuro para rastrear otro tipo de patologías. Con su puesta en marcha se unifican los criterios y protocolos para el seguimiento de los datos registrados en las Islas, que serán volcados en un registro unificado y facilitará su envío al Ministerio de Sanidad.
En esta red están incluidos todos los laboratorios de microbiología que realizan pruebas diagnósticas del coronavirus en Canarias. En un primer control aleatorio, los laboratorios de cada una de las islas remitirán hasta el 10% de las muestras positivas para su secuenciación genómica con el objetivo de determinar las variantes presentes y la incidencia en cada isla. También habrá un control planificado que atenderá situaciones de seguimiento por procedencia de los afectados, el estudio de un brote con una alta tasa de contagios o si se producen casos de reinfección.
Hemeroteca
Publicidad
Esquelas